Fue profesor de Química y decano en la Universidad de Lille.
 

Sus investigaciones permitieron conocer las causas de las enfermedades infectocontagiosas.
 

Algunos científicos de la época afirmaban que la fermentación era un proceso químico en el que no intervenía ningún organismo. Sin embargo, las investigaciones de Pasteur demostraron que en este proceso intervenían dos organismos: uno producía alcohol y el otro producía ácido láctico. Pasteur descubrió las bacterias anaerobias y demostró la falsedad de la teoría de la generación espontánea.
 

Descubrió también un importante método aplicable a la industria, la pasteurización, un procedimiento de desinfección que garantiza la seguridad  de muchos alimentos en nuestros días. Consiste en someter un alimento al calor para destruir los gérmenes.  Por Ejemplo para pasteurizar la leche, es necesario seleccionar la temperatura basándose en el "tiempo térmico mortal" de los gérmenes, es decir, el tiempo más corto necesario para eliminarlos. 

 

Además, Pasteur consiguió atajar algunas enfermedades que atacaban a los corderos,  los cerdos y los gusanos de seda, y culminó  sus investigaciones con el descubrimiento de la vacuna contra la rabia.